法律分析：土地确权后有纠纷的解决方法：1、当事人双方在自愿，不损害他人利益的情况下，根据法律法规的相关规定，直接商量出解决纠纷的方法；2、可以申请由出面进行调解，做出行政裁决；3、提出行政复议或者向人民起诉。当事人对做出的裁决不服的，可根据《行政复议条例》和《行政诉讼法》的相关规定，可以在接到处理决定书之日起十五日内向作出处理决定的上级国土资源行政主管部门申请行政复议。
法律依据：《中华人民共和国土地管理法》第十六条规定，土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决;协商不成的，由处理。单位之间的争议，由县级以上处理;个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级或者县级以上处理。当事人对有关的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民起诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。